以下の2つのサイトを参考にしました．
http://www.mars.dti.ne.jp/~sohda/cygwin/setup.html
http://openoffice-docj.sourceforge.jp/doc/dev/guide/win_cygwin.html

具体的には，インストールのパッケージの選択で，デフォルトに加えて，
Devel -> CVS
Net -> OpenSSH,OpenSSL
XFree86
あとエディタ（emacs,vim）を追加すると良いらしい．

インストしただけでは日本語が使えないらしいので， 以下のサイトを参考に日本語環境を整えました．
http://ruby.gfd-dennou.org/tutorial/install/cygwin/
ただ，少し違っているところもあるようで，/usr/X11R6/bin/startxwin.sh を編集しなくて良い． むしろ，日本語用パッケージの入手を行ってから，/home/ユーザ/.xinitrc を編集したほうが良い．
特にこのファイルのデフォルトはfvwm2 が起動するようになっているので，twm に変更． （どうも，wmaker は上手く行かない）
あと，export DISPLAY=127.0.0.1:0.0 という1行をtwm & の直前に書いておいたのと， xclock -geometry 50x50-1+1 &
rxvt -geometry 80x20+450+0 &
exec xterm -geometry 80x20+0+0 -name login
って感じで書いておけば，X起動時にrxvtとかが立ち上がる． http://www.ifs.tohoku.ac.jp/cryogenic/gakusei/iwata/cygwin/ を参考にしました．
このrxvtだが，http://matsu-www.is.titech.ac.jp/~sohda/cygwin/dist/ あたりから落としてくると良いらしい．日本語が表示できるようになるらしい． 上手く行かなければ，http://hp.vector.co.jp/authors/VA021953/rxvt/ あたりをあさるとよいらしい（ためしてないです）．
さらに，.bashrc を編集．これは http://ruby.gfd-dennou.org/tutorial/install/cygwin/ をもとにした．
さらに，
if [ `tty` == '/dev/conin' ]; then
startx
fi
の3行を追加して，自動的にXが立ち上がるようにした．

sshでつなぐときには，ssh -X user@IP とすれば良いはず．-X を指定することで， サーバ側のXで動くソフトを使うことができる．（個人的に，これさえ使えれば問題ないし・・・ほかのことはわからないです）